未来篇

在“超高校级的绝望”带来的“人类史上最大最恶的绝望事件”之下，世界陷入了濒临崩坏的绝境。为了拯救这个充满绝望的世界，“未来机关”结成了。打倒了江之岛盾子的苗木诚等78期生，加入了未来机关。他们在此继续复兴世界的活动，但苗木却被问以庇护“绝望的残党”这一叛逆之罪。未来机关众人为了苗木的处分而聚集在一起，却遭到黑白熊的监禁，并被要求进行“最后的自相残杀”。手臂被戴上了奇妙的手环，过了一定时间就会被投以安眠药。不止如此，这其中还存在着“背叛者”，是为了杀掉未来机关而来的。“为了生存下去，非得找出背叛者并杀掉不可”。不存在“学级裁判”这一规则的自相残杀。杀或者被杀，在这极限状态的死亡游戏中，苗木等人被逼入绝境。希望杀死希望的绝望物语开始了。

绝望篇

集合了各个领域的超一流高中生，为了培育他们而设立的，政府公认的特权学园“私立希望之峰学园”。这所学园，存在着集中了超高校级的才能的“本科”，以及只要支付高额学费，就谁都可以进入的“预备学科”。不仅是才能，性格也独具个性的本科77期生。但他们不仅固执于才能，还学习了“人生重要的事物并非是才能，而是经由人际关系打造人格，并制造出回忆”，各自讴歌着如同普通的高中生一般的学园生活。但，随着神秘计划在水面下的执行，学园所带来的学科差别开始横行。以及，渴望着才能的预备学科的少年·日向创。他所引起的命运的邂逅，将学园、将未来导向了无法预测的方向。这是，直到人类史上最大最恶的绝望事件发生为止的物语。以绝望终结的，希望的物语。